W latach 1998–2010 ks. Zygmunt Malacki był proboszczem parafii św. Stanisława Kostki. W czasie swojej pracy w tej parafii przebudował prezbiterium świątyni, zakończył budowę Domu Pielgrzyma "Amicus", zorganizował Drogę Krzyżową ulicami Żoliborza w Wielkie Piątki. Wraz z zespołem współpracowników stworzył multimedialne muzeum księdza Jerzego Popiełuszki, a także przyczynił się do przyspieszenia procesu beatyfikacyjnego ks. Jerzego Popiełuszki.
Założył też fundacje: "PRO BONO" i "BONUM".
Został finalistą III edycji konkursu "Proboszcz roku".
Publikacje "Ku dojrzałej wierze" (program duchowy dla pielgrzymów XI WAPD (razem z ks. Ryszardem Moniem) (1991). "Kościół znakiem Chrystusa" (program duchowy dla pielgrzymów XII WAPM (razem z ks. Januszem Strojnym) (1992). "Jak wierzę?" (program duchowy dla pielgrzymów XIII WAPM (razem z ks. Ryszardem Moniem" (1993). "Być chrześcijaninem" (program duchowy dla pielgrzymów dla pielgrzymów XIV WAPM (razem z ks. Ryszardem Moniem) (1994). "Posyłam was" (program duchowy dla pielgrzymów XV WAPM (1995). "Być człowiekiem sumienia" (program duchowy dla pielgrzymów XVI WAPM (1996). "Być z Chrystusem" (program duchowy dla pielgrzymów XVII WAPM (1997). "Żyć z Duchem Świętym" (program duchowy dla pielgrzymów XVIII WAPM (razem z ks.