28 sierpnia zakotwiczył w zatoce Sagami by rozpocząć wspieranie 20 Eskadry Okrętów Podwodnych w czasie demilitaryzacji japońskich okrętów podwodnych, żywych torped i jednostek samobójczych w Yokosuce i innych miejscach w rejonie zatoki Sagami, w Zatoce Tokijskiej, które uprzednio się poddały. Przyszli aktorzy Tony Curtis – który naprawdę nazywał się Bernard Schwartz – oraz Larry Storch znajdowali się na pokładzie okrętu w Zatoce Tokijskiej w sierpniu i wrześniu 1945 roku i byli obserwatorami podpisywania kapitulacji na pokładzie pancernika „Missouri”.

Do 1 listopada okręt był przydzielony do napraw japońskich okrętów podwodnych, po czym popłynął w drogę powrotną do Stanów ZjednoczonychKompletna historia służby USS „Proteus” dostępna pod adresem TenderTale: USS Proteus. thumb|left|USS „Proteus” w czasie wydłużania w Charleston w 1959

Po przejściu 6 grudnia Kanału Panamskiego, 16 grudnia dotarł do New London. Podróż w rejon Strefy Kanału Panamskiego poprzedziła operacje na zimnych wodach w pobliżu NS Argentia. W listopadzie działał tam wraz z 8 Eskadrą Okrętów Podwodnych (Subron 8). Następnie wrócił do New London.