W 1934 objął kierownictwo metropolii korczańskiej.
Po rezygnacji w maju 1936 arcybiskupa Wissariona, który do tej pory kierował Cerkwią albańską, Krzysztof zajął jego miejsce, wybrany na urząd przez Święty Synod Albańskiego Kościoła Prawosławnego na sesji 12 kwietnia 1937. Otrzymał wówczas godność arcybiskupem tirańskim i całej Albanii. Jego wybór na zwierzchnika Kościoła został zaakceptowany przez Patriarchę Konstantynopola Beniamina, co przyczyniło się do uznania przez Patriarchat Ekumeniczny autokefalii Kościoła albańskiego.
W czasie włoskiej okupacji Albanii (1939–1943) arcybiskup Krzysztof sprzeciwiał się rozbudowie struktur Kościoła unickiego, na co nalegały władze okupacyjne. W rozmowie z Francesco Jacomonim, włoskim namiestnikiem w Albanii nie zgodził się, aby w Świętym Synodzie zasiadali biskupi z Kalabrii, pochodzenia albańskiego, którzy mieli działać na rzecz zbliżenia kościoła prawosławnego i katolickiego. W konsekwencji zredukowano do minimum dotacje dla Kościoła prawosławnego. Po przejęciu władzy przez komunistów w listopadzie 1944, hierarcha został uznany przez nowe władze za osobę niepożądaną na stanowisku zwierzchnika Kościoła. Jednym z zarzutów stawianych Kisiemu był fakt jego wcześniejszych spotkań z dowódcą sił włoskich w Albanii, gen. Alberto Parianim.