W średniowieczu miała status wolnego miasta.
W czasach nowożytnych stała się ważnym portem i bazą floty francuskiej. Po licznych buntach przeciw władzy Paryża została za czasów Ludwika XIV ściślej podporządkowana rządowi centralnemu, a portu strzegły wybudowane nad miastem forty. W 1720 roku miasto nawiedziła epidemia dżumy, która zdziesiątkowała jego populację.
Po wybuchu rewolucji francuskiej i ogłoszeniu I Republiki mieszkańcy Marsylii entuzjastycznie wsparli nowy rząd, a śpiewana przez ochotników z Marsylii pieśń Marsz wojenny Armii Renu została nazwana Marsylianką i stała się hymnem republiki. W XIX wieku Marsylia zaczęła się gwałtownie rozwijać wraz z postępującą rewolucją przemysłową i podbojami kolonialnymi Francji w północnej Afryce (od 1830 roku). Jej znacznie wzrosło jeszcze bardziej po otwarciu Kanału Sueskiego (1869), który skrócił drogę morską z portów Europy do Azji.
Podczas II wojny światowej została zbombardowana i znaczna jej część uległa zniszczeniu.