W 1996 wojewoda gdański Henryk Wojciechowski (SLD) cofnął mu pełnomocnictwa do egzekwowania majątku od SdRP.

W 1997 zaangażował się w działalność polityczną w Akcji Wyborczej Solidarność. Został jej kandydatem do Sejmu z rekomendacji Prawicy Narodowej, a następnie należał do komitetu założycielskiego Ruchu Społecznego AWS. W latach 1997–2001 sprawował mandat posła na Sejm III kadencji z listy AWS. Przewodniczył Komisji do Spraw Służb Specjalnych. Był współautorem ustawy powołującej Instytut Pamięci Narodowej. Od 7 października 1999 do 19 października 2001 sprawował funkcję ministra spraw wewnętrznych i administracji w rządzie Jerzego BuzkaPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 7 października 1999 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ().Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 19 października 2001 r. o przyjęciu dymisji Rady Ministrów ().. W tym czasie był jednym z autorów wniosku o wznowienie śledztwa w sprawie tzw. moskiewskiej pożyczki. W okresie jego urzędowania utworzono Centralne Biuro Śledcze, którego funkcjonariusze przeprowadzili operację „Enigma”, w wyniku której rozbito gang pruszkowski. W 2001 bez powodzenia kandydował do Senatu z ramienia Bloku Senat 2001.