15 września z mianowania gen. Franza von Roquesa, komendanta obszarów tyłowych Grupy Armii "Północ", stanął na czele odbudowywującej się estońskiej administracji. 5 grudnia został przewodniczącym Estońskiego Dyrektoriatu w ramach Komisariatu Rzeszy "Ostland". Jednocześnie pełnił funkcję dyrektora generalnego spraw wewnętrznych. Dodatkowo do 1943 r. był inspektorem prawnym. Kiedy Armia Czerwona wkroczyła w granice Estonii we wrześniu 1944 r., ewakuował się do Niemiec. W styczniu 1945 r. Niemcy oficjalnie rozwiązali Estoński Dyrektoriat.
Po zakończeniu wojny do 1947 r. H. Mäe przebywał w alianckim obozie dla uchodźców. Występował jako świadek w procesie norymberskim. Następnie zamieszkał w Austrii, gdzie był dziennikarzem. Później pracował jako urzędnik samorządowy. Działał w emigracyjnych estońskich organizacjach narodowych.
Twórczość naukowa "Ilmade ettekuulutamine: teaduslised ja praktilised ilma ettekuulutamise tundemärgid", Tallinn 1921 "Über die Temperatursprünge in der Ostsee: (mit 4 Textfiguren): vorgelegt in der Sitzung am 12.