W 2006 Mark Winterbottom przeniósł się do jednego z głównych zespołów Forda w serii - Ford Performance Racing. Początek sezonu nie był udany ale w późniejszej jego fazie wyniki były już lepsze przynosząc m.in. pierwsze zwycięstwo (wspólnie z Jasonem Brightem wygrali długodystansowy wyścig Sandown 500) oraz trzecie miejsce w klasyfikacji generalnej sezonu. W 2007 zdobył swoje pierwsze pole position w serii, a cały sezon zakończył na piątej pozycji.
W 2008 odniósł kolejny sukces - zdobył tytuł wicemistrza serii V8 Supercars wygrywając po drodze siedem wyścigów. Był to także najlepszy wynik kierowcy zespołu Ford Performance Racing. Sezon 2009 był mniej udany, wygrał w nim 3 wyścigi (wyścig kwalifikacyjny w Phillip Island oraz dwie części wyścigów w Surfers Paradise), ale kilka słabych wyników w pierwszej części sezonu pozwoliły mu na zajęcie tylko piątego miejsca w klasyfikacji generalnej.