Lata 1800-1918 Kościół pojezuicki i gmach gimnazjum służyły wojskom jako koszary, szpital i magazyny. Wkrótce uległy częściowemu zniszczeniu, dlatego w latach 1810–1811 i 1820 wzmocniono podstawy wież, położono nowe dachówki i naprawiono jeden z hełmów wież. Władze zaborcze, pod naciskiem społeczeństwa polskiego, od 1809 r. starały się o przywrócenie szkole chojnickiej charakteru gimnazjum. 15 listopada 1815 nastąpiło uroczyste otwarcie katolickiego gimnazjum państwowego w Chojnicach. Równocześnie z tym faktem rząd pruski przejął kościół pojezuicki i mianował go kościołem gimnazjalnym. Istnienie kościoła zostało ponownie zagrożone w 1817 r. Tym razem Saltzmann wysunął projekt zmiany kościoła gimnazjalnego na aule gimnazjalną, której brak szkoła odczuwała. Projekt ten upadł za sprawą bp. Karola Hohenzollerna. W 1819 rząd pruski skasował w Chojnicach istniejący jeszcze klasztor augustianów. Nastąpił podział jego majątku. Kościół gimnazjalny otrzymał organy, kamienne ołtarze oraz część sprzętów kościelnych. OO. Jezuici jeszcze raz przybyli do Chojnic w 1852 r. Tym razem dla przeprowadzenia wielkich misji - rekolekcji dla uczniów gimnazjum. W 1862 r. miał miejsce pożar zakrystii, który zniszczył jej bogate, zabytkowe wyposażenie jezuickie oraz uszkodził wnętrze kościoła.