Od roku 1880 kapelania powróciła do archidiecezji krakowskiej.
Kapelania lokalna istniała w Świątnikach do roku 1888, kiedy to zarządzeniem cesarza Franciszka Józefa I niektóre kapelanie zostały przekształcone w parafięJerzy Czerwiński, Od kapelanii do parafii czyli historia duszpasterstwa w Świątnikach Górnych, 2011. W tym samym czasie do kościoła trafił prywatny neogotycki ołtarzyk po ks. Karolu Telidze, wykonany z przyciemnianego dębu. Około roku 1905 świątnicy wawelscy przywieźli dwa marmurowe ołtarze dłuta Francesco Placidiego w stylu barokowym, usunięte z katedry krakowskiej podczas jej generalnej renowacji.
Podczas I wojny światowej wojska austriackie zarekwirowały dzwony kościelne: większy 350 kg w 1915 i mniejszy 185 kg płacąc ekwiwalent odpowiednio 1400 i 692 koron. Po wojnie zakupiono ze składek parafian nowe dzwony: „Józef” ważący 185 kg i „Jan Ewangelista” ważący 100 kg, które zostały poświęcone 1 września 1921 przez ks. Anatola Nowaka, biskupa sufragana krakowskiego. Dzwony te w 1943 zabrały wojska niemieckie, udało się jedynie zachować XVIII-wieczną sygnaturkę, gdyż w jej miejsce umieszczono dzwon szkolny.