Wydarzenia roku 1867 przyczyniły się walnie do izolacji króla, który bez reszty oddał się sztuce i budownictwu. 9 czerwca 1886 Ludwik II został oficjalnie uznany za niepoczytalnego przez komisję lekarską której przewodniczył dr Gudden naczelny lekarz w dziedzinie psychiatrii. Komisja orzekła chorobę psychiczną bez badania pacjenta no podstawie zeznań świadków. To faktycznie doprowadził o do ubezwlasnowolnienia króla i faktycznie pozbawionie go tronu w wyniku spisku zawiązanego przez wrogich mu ministrów z jego stryjem, księciem Luitpoldem, na czele. Rządy objął regent. Król następnie został przewieziony do zamku Berg, nad jeziorem Starnberger See, na południe od Monachium.
Niejasna jest jego śmierć w jeziorze Starnberg, rozważane było morderstwo i jako przyczynę zgonu utopienie, 9 (przypisy,)
13 czerwca 1886 niedaleko brzegu jeziora Starnberger See odnaleziono ciało Ludwika i jego lekarza Bernharda von Guddena, który został również zamordowany poprzez uderzenia w głowę (trzy wgniecenia kości czaszki) wcześniej wydał opinię lekarska z naruszeniem zasad etyki lekarskiej wtedy i obecnie obowiązujących.Ludwik został pochowany w kościele św. Michała w Monachium.