Papież Innocenty starał się zreformować dawne zakony przez działalność swoich legatów i przez nałożenie na biskupów obowiązku wizytacji klasztorów. Widział bowiem w zakonach podporę reformy całego Kościoła.
W międzyczasie dwie charyzmatyczne postacie XIII-wiecznego Kościoła zgromadziły wokół siebie wspólnoty żebracze. Franciszek wcielał w życie ze swymi duchowymi braćmi pełne ewangeliczne ubóstwo. Dominik Guzmán, razem z pierwszymi dwunastoma braćmi stanowiącymi trzon klasztoru kaznodziejskiego w Tuluzie, pragnął utworzyć kolegium braterskie skupione wokół Mistrza-Chrystusa – wspólnotę, która odnawia i kontynuuje kolegium dwunastu apostołów w sercu Kościoła-Jerozolimy. Wspólnotę dającą świadectwo miłości między braćmi, którzy mają „jednego ducha i jedno, serce w Panu” (Dz 4,32). Dominik łączył troskę o rozwój intelektualny braci z życiem w radykalnym ubóstwie. Dominikanie zostali zatwierdzeni najpierw przez Innocentego III, a następnie oficjalnie dwiema bullami z 22 grudnia 1216 i 21 stycznia 1217, przez papieża Honoriusza III.