thumb|Nagrobek Marii Ponikowskiej W okresie okupacji niemieckiej uczestniczyła (pod pseudonimem „Maria”) w strukturach konspiracyjnych powołanych do ochrony majątku Radia, wspierania dawnego personelu, zwłaszcza osób ukrywających się i prześladowanych, jak i do opracowania planów postępowania na wypadek wybuchu powstania i zakończenia wojny. Struktury te – początkowo funkcjonujące samodzielnie – od 1941 roku działały w porozumieniu ze Związkiem Walki Zbrojnej (ZWZ), a następnie od stycznia 1942 roku – z Wojskową Służbą Łączności Komendy Głównej ZWZ – Armii Krajowej, a wreszcie od połowy 1942 roku – z Delegaturą Rządu na Kraj. Warto w związku z tym przypomnieć, że nadająca podczas powstania warszawskiego 1944 roku – radiostacja powstańcza „Błyskawica”, wyemitowała 122 audycje w języku polskim i 77 audycji w języku angielskim). W kierowanej przez Edmunda Rudnickiego (ps. „Konopka”) sekcji PR („RA”) utworzonej 1 sierpnia 1942 w Departamencie Informacji i Prasy, Maria Ponikowska odpowiadała za całość spraw organizacji, dokumentacji i finansów. Kierowany przez nią zespół liczył w 1944 roku 14 osób. W ramach nadzorowanego przez nią budżetu funkcjonowały ponadto zespoły regionalne liczące łącznie 16 osób.