W 1534 roku odwiedził Anglię na zaproszenie króla Henryka VIII, gdzie doradzał mu zarówno w sprawach jego rozwodu, jak i w kwestii reformacji. W styczniu następnego roku powrócił do Hamburga i wielokrotnie reprezentował miasto podczas ważnych wydarzeń. W 1537 roku podpisał Artykuły szmalkaldzkie, podzielając zastrzeżenia Melanchtona dotyczące artykułu o papieżu.
We wszystkich swoich dziełach Aepinus wykazywał wielką znajomość spraw teologicznych. Szczególną uwagę poświęcał Psalmom, na temat których pisał wiele komentarzy. Największe kontrowersje wywołał jego komentarz do Psalmu 16, w którym odnosił się do doktryny zstąpienia do piekieł, w którym prezentował odmienną od tradycyjnej wizję piekła, uważając, że chodzi po prostu o grób. Według niego zstąpienie do piekieł oznaczało wypełnienie posłuszeństwa. Niektórzy hamburscy duchowni z ambon polemizowali ze swoim superintendentem, za tradycyjną nauką obstawał też Bugenhagen. Doszło do spotkania teologicznego w Hamburgu, które nie przyniosło oczekiwanego rezultatu. Ostatecznie zmodyfikował swoje przekonanie, uważając, że Chrystus poniósł w pieklę karę za grzechy pierworodne ludzkości i pokonał piekło przez swoje cierpienie.