Latem 2009 roku podpisał dwuipółroczny kontrakt z Manchesterem City i niedługo później wypożyczono go do grającego wówczas w Conference National Wrexham. Na boisku pojawił się po raz pierwszy 28 marca 2009 w przegranym 0:1 meczu przeciwko Histon. Niecały miesiąc później Nielsen powrócił do Manchesteru z podejrzeniem kontuzji kciuka, której miał nabawić się podczas meczu przeciwko Oxford United. Badania dokonane w klubie potwierdziły, że bramkarz ma złamaną kość w dolnej części kciuka oraz stwierdziły konieczność operacji. 24 kwietnia 2010 roku Nielsen zadebiutował w Premier League, zastępując w 76. minucie spotkania przeciwko Arsenalowi Shaya Givena. Tym samym został pierwszym zawodnikiem z Wysp Owczych, który zagrał w najwyższej lidze angielskiej.
W lecie 2010 roku Nielsen podpisał kolejny roczny kontrakt z Manchesterem City. Niedługo później został wypożyczony na sześć miesięcy do Tranmere Rovers, grającym wówczas Football League One. Po raz pierwszy wystąpił w meczu przeciwko Oldham Athletic 7 sierpnia 2010. Niedługo później został kontuzjowany w meczu reprezentacji swojego kraju, przez co nie mógł rozgrywać kolejnych meczów klubowych, a do pierwszego składu Tranmere wrócił jedynie na jedno spotkanie w grudniu 2010.