Okres krakowski (1811–1835) W 1811 r. przeniósł się do Krakowa w wyniku powołania go na stanowisko kierownika Biblioteki Jagiellońskiej. Okres jego zarządzania biblioteką to czasy uporządkowania i częściowego skatalogowania jej zbiorów (zwłaszcza zbiorów pojezuickich stanowiących wówczas połowę wszystkich zasobów biblioteki), oraz poszerzenia jej zbiorów. Uruchomił również (1812) w bibliotece czytelnię publiczną dostępną dla wszystkich osób, także spoza uczelni. Jednocześnie był profesorem na Uniwersytecie Jagiellońskim wykładając bibliografię. Również podczas pobytu w Krakowie publikował wiele prac naukowych, głównie z historii drukarstwa i historii języka polskiego.
Ważniejsze publikacje okresu krakowskiego De primis Cracoviae in arte typographica incunabulis. Dissertatio brevis..., Kraków 1812 Nowy słownik kieszonkowy niemiecko-polsko-francuski. Neues Taschenwörterbuch der deutschen, polnischen und französischen Sprache, t. 1–2, Wrocław 1813, wyd. następne: Wrocław 1820; Wrocław 1823; Wrocław 1828; „nowa edycja zupełnie poprawiona” Wrocław 1839 (przeróbka słownika A. M. Trotza, cz. 3 słownika;