W sierpniu 1933 roku ostatecznie rezygnuje ze stanowisk w Deggendorf i zostaje mianowany nadburmistrzem Hof w Bawarii przez tamtejszego Gauleitera. Oficjalnie pełni ten urząd do 1944 roku, ale praktycznie nie sprawuje go już od wybuchu wojny w 1939 roku.
Działalność w Generalnym Gubernatorstwie Dnia 7 września 1939 zostaje mianowany komisarzem miasta (niem. Stadtkommissar) Kielc, a następnie w okresie listopada 1939 do stycznia 1942 pełnił funkcję starosty miejskiego (Stadthauptmann) w Częstochowie, gdzie podjął m.in. decyzję utworzenia getta dla Żydów. Od 31 stycznia 1942 do 26 maja 1943 gubernator dystryktu krakowskiego, a między 27 maja 1943 a 22 lipca 1944 gubernator dystryktu lubelskiego„Okupacja i ruch oporu w Dzienniku Hansa Franka 1943-1945” T.II, KIW, Warszawa 1972..
Działalność w Krakowie Wendler przeważnie przebywał w rezydencji gubernatorów dystryktu Kraków w Przegorzałach – w okazałej Willi Burtanów na skraju Lasu Wolskiego, zaledwie kilka minut drogi samochodem od ścisłego centrum Krakowa. Jako pierwszy wprowadził do urzędów obowiązkowe uczestnictwo w zajęciach sportowych. W Krakowie został nawet honorowym prezesem klubu sportowego DTSG w Krakowie