Jest członkiem Polskiego Stowarzyszenia Prawa Europejskiego.
25 czerwca 2010 z rekomendacji posłów Platformy Obywatelskiej został powołany przez Sejm na stanowisko generalnego inspektora ochrony danych osobowych. Urzędowanie rozpoczął po złożeniu ślubowania przed Sejmem w dniu 4 sierpnia. 25 lipca 2014 Sejm powołał go na kolejną czteroletnią kadencję. W 2014 pełnił funkcje wiceprzewodniczącego grupy roboczej art. 29. 3 grudnia tego samego roku Sejm podjął uchwałę o jego odwołaniu w związku z kandydowaniem na urząd zastępcy europejskiego inspektora ochrony danych, dwa tygodnie później zgodę na odwołanie ze stanowiska GIODO wyraził Senat. Również w grudniu 2014 Wojciech Wiewiórowski rozpoczął urzędowanie na stanowisku zastępcy europejskiego inspektora ochrony danych.
W sierpniu 2019 został pełniącym obowiązki europejskiego inspektora ochrony danych (Giovanni Buttarelli zmarł 20 sierpnia 2019). W listopadzie 2019 Komisja Wolności Obywatelskich, Sprawiedliwości i Spraw Wewnętrznych Parlamentu Europejskiego rekomendowała go na nowego inspektora.