Krytyka Cerkwi 200px|right|thumb|Widok petersburskiego Więzienia "Kriesty" z cerkwią więzienną (na fot. po lewej stronie kompleksu). Praktyka wznoszenia cerkwi w obrębie kompleksów więziennych i obowiązkowego uczestnictwa prawosławnych osadzonych w nabożeństwach, powszechna w Imperium Rosyjskim, stała się przedmiotem szczególnej krytyki Tołstoja w powieści Szczególne miejsce w powieści zajmuje krytyka Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Urzędnicy świeccy Świątobliwego Synodu Rządzącego są postaciami jeszcze bardziej wyrachowanymi i chciwymi niż pracownicy innych państwowych instytucji. Duchowieństwo nie przywiązuje wagi do głoszonej doktryny, a jedynie bezmyślnie powtarza znane rytuały i obrzędy. Tołstoj przedstawia nabożeństwo w więziennej cerkwi jako rzecz szczególnie nienaturalną i wrogą godności człowieka. Jeden z przedstawiony w utworze urzędników cerkiewnych, Toporow, jest wyraźną karykaturą oberprokuratora Świątobliwego Synodu Rządzącego Konstantina Pobiedonoscewa.