W czasie II wojny światowej Blackett był jednym z współtwórców nowej dyscypliny naukowej, znanej jako badania operacyjne („operations research”). Przy jej pomocy, w sposób naukowy, udowodnił na przykład, że okręty i statki w konwoju są znacznie bezpieczniejsze niż pojedyncze jednostki. W tym czasie argumentował także, również tu posługując się obliczeniami badań operacyjnych, że bombardowanie strategiczne (naloty dywanowe) nie przynosi zamierzonych efektów ani pod względem niszczenia morale przeciwnika, ani pod względem redukcji jego potencjału przemysłowego. Ponieważ taki punkt widzenia był dokładnie przeciwny ówczesnej doktrynie Aliantów, Blackett był stopniowo odsuwany w cień. Po wojnie oficjalna analiza skuteczności bombardowania strategicznego („Strategic Bombing Survey”) pokazała, że Blackett miał rację.
Pod koniec lat czterdziestych Blackett stał się bardzo znany z powodu jego radykalnych jak na tamte czasy poglądów politycznych – uważał między innymi, że Wielka Brytania nie powinna prowadzić badań nad bronią jądrową, a także, że Anglia miała moralną obligację, aby poprawić naukową i technologiczną sytuację w jej byłych koloniach (szczególnie w Indiach).