swoje nabożeństwa odprawiali w schuilkerken - kościołach urządzanych głównie wewnątrz domów mieszczańskich. Ponadto modlili się w kaplicy św. Gertrudy, która stała się katedrą katolicką. W 1853 roku restytuowano arcybiskupstwo utrechckie, którego siedzibą stał się należący w średniowieczu do karmelitów kościół Św. Katarzyny.
1 sierpnia 1674 Utrecht nawiedziła burza z wichurą, która spowodowała runięcie korpusu nawowego. Powodem tych zniszczeń były także wadliwa konstrukcja i liczne niedociągnięcia w pracach budowlanych nad tą częścią świątyni. Pomimo restauracji kościoła w XIX i na początku XX wieku, nigdy nie zrekonstruowano korpusu nawowego.
Architektura 400px|thumb|Plan katedry utrechckiej Legenda: 1 Wieża, 2 Miejsce dawnego korpusu nawowego, 3 Skrzyżowanie naw, 4 Transept, 5 Prezbiterium, 6 Przęsło wschodnie, 7 Północna nawa boczna, 8 Południowa nawa boczna, 9 Obejście z kaplicami, 10 Kaplica Świętych Dionizego i Bartłomieja, 11 Kaplica Świętych Andrzeja i Pontiana, 12 Kaplica Św. Krzyża, 13 Kaplica Św. Piotra i Św. Pawła, 14 Kaplica Świętych Szymona i Judy, 15 Kaplica rodu van Veen, 16 Kaplica rodu van Montfoort, 17 Kaplica prepozytorów, 18 bpa Rudolfa van Diepholt, 19 Kaplica bpa Guya van Avesnes, 20 Kaplica bpa Jana van Arkel, 21 Portal południowo-wschodni, 22 Kaplica prepozyta Zwedera van Uterlo, 23 Kaplica Św.