Będąc człowiekiem niezależnym, porzucił to zajęcie, zakładając własną firmę traperską w Santa Fe. Zawarł wtedy przyjazne stosunki z Apaczami i ich ówczesnym wodzem Juan Josem, jednakże, wskutek intryg meksykańskich traperów, doszło do zamordowania wodza co doprowadziło do krwawych mordów Apaczów na Amerykanach. Wilson wraz z dwoma towarzyszami zostali złapani i skazani na śmierć, ale wódz Mangas umożliwił mu ucieczkę (jego towarzysze nie byli do niej zdolni). Pomimo pogoni, braku jedzenia i ubrań udało mu się dotrzeć do oddalonego o 160 kilometrów Santa Fe.
W 1837 roku, podczas zamieszek w Santa Fe, w których zamordowano gubernatora, Alvino Péreza, oraz wielu innych Amerykan, po raz kolejny życie uratował mu indiański wódz plemienia Pueblo, Pedro León. W mieście tym Wilson pozostał do 1841 roku, kiedy to kolejne zamieszki zmusiły go do wyjazdu.
We wrześniu tego roku, wraz z innymi osadnikami, wyruszył karawaną do południowej Kalifornii, gdzie dotarli z początkiem listopada. Początkowo pobyt tam miał być tylko przystankiem w drodze do Chin, lecz z powodu niemożności znalezienia statku na Daleki Wschód, postanowił osiedlić się w Kalifornii.