Po wojnie Od 1945 roku polskie władze prowadziły śledztwo w sprawie wydarzeń w Tryszczynie. Kluczowym świadkiem okazał się leśniczy Henryk Bolcek, który nocami przychodził na miejsce rozstrzeliwań, robił pomiary i szkice. Po wojnie dzięki jego notatkom ustalono miejsca pochówku zabitych. Na przełomie kwietnia i maja 1945 polskie władze przeprowadziły częściową ekshumację ofiar zbrodni w Tryszczynie. Z pięciu zbiorowych mogił wydobyto kilkaset ciał, które pochowano następnie w jednym grobie przy pobliskiej drodze łączącej Bydgoszcz z Koronowem. Trzy lata później zwłoki ekshumowano ponownie, w celu zapewnienia ofiarom godniejszego pochówku. 4 maja 1948 na Starym Rynku w Bydgoszczy wystawiono 128 trumien, zawierających odnalezione szczątki 693 osób zamordowanych przez Niemców w Tryszczynie. Trumny uroczyście przetransportowano i złożono na Cmentarzu Bohaterów na bydgoskim Wzgórzu Wolności. Był to ostatni wielki pogrzeb ofiar hitlerowskiej okupacji Bydgoszczy.
Ekshumacje z lat 1945 i 1948 zostały przeprowadzone niedokładnie i nie objęły wszystkich szczątków (jednego z masowych grobów w ogóle nie odnaleziono), w związku z czym w 2008 miejsce zbrodni tryszczyńskiej odzyskało status obiektu grobownictwa wojennego. W październiku 2009 na miejscu dawnej zbiorowej mogiły z 1945 ponownie rozpoczęto prace ekshumacyjne.