W drugiej połowie lipca 1626 Gdańska Głowa została zajęta przez wojska szwedzkie i znacznie rozbudowana. Została obsadzona silną załogą, która odparła atak wojsk gdańskich w styczniu 1627 roku. Obsadzenie przez Szwedów twierdzy pozwoliło do 1635 kontrolować im handel wiślany Gdańska. Od spływających do Gdańska statków wiślanych i tratew z drewnem były pobierane opłaty, a towary potrzebne Szwedom były zatrzymywane i konfiskowane. Fortyfikacja wróciła pod zwierzchnictwo Gdańska po rozejmie w Sztumskiej Wsi (12 września 1635) i została ponownie obsadzona przez załogę wydzieloną z wojsk garnizonu miejskiego. W obliczu zagrożenia szwedzkiego w 1655 została obsadzona 200 żołnierzami, jednak została zdobyta przez Szwedów w lutym 1656. Szwedzi rozbudowali fortyfikacje i stworzyli potężną twierdzę wodno-ziemną typu holenderskiego, o szerokości ponad 500 m, z załogą liczącą około 600–800 osób i około 50 dział różnych kalibrów. Twierdza zapewniała Szwedom panowanie nad całą deltą Wisły, a ponadto stanowiła miejsce wypadowe przeciwko Gdańskowi. W czasie walk po 1655 kilkakrotnie nieskutecznie próbowano odzyskać Gdańską Głowę. Decydujące oblężenie rozpoczęło się 25 września 1659, siłami około 5500 zbrojnych, wyposażonych w blisko 40 dział i moździerzy.