Przyjęcie święceń poprzedziło zdanie egzaminu z materiału wykładanego przed rewolucją październikową w seminariach duchownych Rosji.
W kwietniu 1932 hieromnich Pimen został po raz pierwszy aresztowany i oskarżony o uczestnictwo w spisku monarchistycznym, agitację antyradziecką oraz nielegalne odprawianie nabożeństw. W śledztwie duchowny nie przyznał się do stawianych mu zarzutów. Ostatecznie po miesiącu został zwolniony jako jeden z 19 aresztowanych z łącznej liczby 71 domniemanych członków antyradzieckiej organizacji. Od października 1932 do grudnia 1934 odbywał zasadniczą służbę wojskową w mieście Łepel w obwodzie witebskim, gdzie nauczył się felczerstwa i podstaw weterynarii. Po powrocie do Moskwy na nowo podjął służbę w soborze Objawienia Pańskiego w Moskwie-Dorogomiłowie.
Pobyt w łagrze i na zsyłce Na temat represji, jakim hieromnich Pimen podlegał w latach 30. XX w., istnieją różne informacje. Według jednej z wersji został on aresztowany krótko po odbyciu służby wojskowej, w 1934, pod zarzutem naruszenia prawa o oddzieleniu Kościoła i państwa. Został skazany na trzy lata pozbawienia wolności i odbył cały wyrok, pracując w Chimkach przy budowie kanału Moskwa–Wołga. W 1937 został skierowany na zsyłkę do Andiżanu.