Timor Wschodni, tak jak większość obszarów wysp indonezyjskich należy do strefy aktywnej sejsmicznie.
Do Timoru Wschodniego należą także dwie niewielkie wyspy: Atauro i Jaco, które leżą w archipelagu Małych Wysp Sundajskich.
Klimat Timor Wschodni leży w strefie klimatu podrównikowego wilgotnego. Cechą charakterystyczną są stosunkowo niskie opady deszczu i typowe dla obszarów podrównikowych temperatury, a także częste burze.
Opady nie są wysokie co jest związane z niekorzystną cyrkulacją monsunową. Zaznacza się dość długa pora sucha, która jest związana z napływem suchych, kontynentalnych mas powietrza znad Australii. Okres suchy ma miejsce od maja do listopada i w tym czasie opady deszczu są niewielkie. Opady minimalne wynoszą około 550 do 1000 mm. Maksimum to 2500 mm, które ogranicza się do strefy wysokogórskiej. Największe opady występują w półroczu zimowym. W okresie pory deszczowej występują obfite opady deszczu, które powodują powodzie.
Temperatury są wysokie i wahają się od 20–33 °C w porze suchej do 29–35 °C w porze deszczowej. Amplitudy są więc stosunkowo wysokie co jest związane z cyrkulacją mas powietrza.