Wtedy skomponował muzykę do „Matki Courage” i „Dobrego człowieka z Seczuanu” Brechta.
Był członkiem Komunistycznej Partii USA. W roku 1948 zamieszkał w Berlinie Wschodnim, mimo nieakceptowania polityki kulturalnej władz NRD.
Napisał muzykę do wielu sztuk wystawianych w teatrze Brechta „Berliner Ensemble”. W latach 1949–1951 napisał muzykę do słuchowiska radiowego Brechta „Przesłuchanie Lukullusa”, która wywołała gwałtowny atak władz NRD. Muzykę uznano za „obcą narodowi” i „formalistyczną”. Z okazji III światowego Festiwalu Młodzieży w Berlinie napisał kantatę do tekstu Brechta.
W 1952 został członkiem, a w 1957 prezesem Akademii Sztuki NRD. W roku 1965 został członkiem zachodnioberlińskiej Akademii Sztuki, z której wystąpił w 1968 wraz z Hansem Wernerem Henze w proteście przeciw zachodnioniemieckiej polityce w sprawie Wietnamu.
Dessau stworzył cztery opery: „Puntila” (1956-1959), „Lanzelot” (1967-1969), „Einstein” (1969-1973) i „Leonce und Lena” (1976-1978), wystawione w Państwowej Operze Unter den Linden w Berlinie w reżyserii czwartej żony Ruth Berghaus.
W roku 1961 uczestniczył Dessau w „Kronice Żydowskiej” napisanej wspólnie z Borisem Blacherem, Karlem Amadeusem Hartmannem, Hansem Wernerem Henze i Rudolfem Wagner-Régeny do tekstu Jensa Gerlacha.