Mając już gotowy szkic olejny przygotowany w 1866 roku, zabrał się do pracy, która została na krótko przerwana w okresie Wielkanocy w 1867 roku w związku z narodzinami córki artysty, Helenki.
Pierwszy pokaz dzieła odbył się 26 kwietnia 1867 w siedzibie Towarzystwa Naukowego Krakowskiego w Krakowie, z którego dochody ze sprzedaży biletów inauguracyjnej wystawy zostały przeznaczone na cele pomocy czeladzi rzemieślniczej.
Sekretarz malarza, Marian Gorzkowski, pisał, że przyczyną powstania obrazu było przeświadczenie Matejki o wadze tematu i opinia, że [...] w odrodzeniu rzemiosł dostrzegał on pożytek i postęp kraju [...], niemniej jednak priorytetowym celem namalowania obrazu było zapewnienie bytu rodzinie.
Alchemik Sędziwój i Zygmunt III znalazł nabywcę w 1881, którym był cesarz Franciszek Józef. Do 1939 znajdował się w rękach prywatnych, w roku tym łódzki przedsiębiorca Karol Eisert przekazał go do miejskiego muzeum w Łodzi.