Do znaczniejszych akcji należą walki podczas forsowania przez wojska niemieckie rzeki Świr we wrześniu 1941 oraz forsowanie tej samej rzeki przez Armię Czerwoną w 1944, podczas operacji świrsko-pietrozawodzkiej, która doprowadziła 28 czerwca do wyzwolenia Pietrozawodska przez 7. i 32. Armię przy aktywnym wsparciu ze strony flotylli. Przez tydzień jej okręty przewiozły ponad 48 tys. ludzi, 212 czołgów, 446 armat i wiele innych ładunków. Za udział w tej operacji okrętom flotylli i 31 Batalionowi Piechoty Morskiej przyznano honorowy tytuł "Pietrozawodzkich".
Flotyllę ostatecznie rozformowano 10 lipca 1944 roku.
Dowódcy Wojna domowa D.I. Fiedotow (czerwiec – listopad 1918), E.S. Pancerżanskij (listopad 1918 – marzec 1920). II wojna światowa A.P. Diakonów (sierpień – grudzień 1941; styczeń – lipiec 1943), adm. Pawieł Abańkin (sierpień 1943 – styczeń 1944), N.W. Antonow (lipiec - sierpień 1943; styczeń – maj 1944).
Skład Okręt sztabowy "Moskowskij Komsomoł" Kanonierka KŁ-11 Kanonierka KŁ-40 Kutry opancerzone typu 1124 Kutry opancerzone typu 1125 Kutry dozorowe typu KM Kutry dozorowe typu A Kutry trałowe typu K-15-M-17