W 1858 roku, po śmierci Esquinaline’a, Cochise uznany został za głównego wodza przez wszystkie grupy Chokonenów. W tym też roku nastąpiły pierwsze oficjalne kontakty Cochise’a z Amerykanami, którzy cztery lata wcześniej na mocy traktatu Gadsdena, wykupili od Meksykanów ziemie na południe od rzeki Gila. Przez pierwsze lata stosunki Chokonenów z Amerykanami układały się poprawnie. Sytuacja zmieniła się gwałtownie w lutym 1861 roku, gdy Cochise i jego grupa zostali niesłusznie posądzeni o uprowadzenie białego dziecka. Podczas rozmów na Przełęczy Apaczów, porucznik George Bascom, na podstawie niepotwierdzonych podejrzeń, wydał rozkaz zatrzymania Cochise’a i towarzyszących mu Indian. Cochise’owi udało się uciec. Pozostali Indianie zostali ujęci, a sześciu z nich, w tym brata Cochise’a i dwóch jego bratanków, powieszono. Incydent ten był bezpośrednią przyczyną wojny z Apaczami.