Po rewolucji październikowej i ukonstytuowaniu się sympatyzującej z bolszewikami Żywej Cerkwi (ruch odnowicielstwa), stojącej w opozycji do patriarchatu moskiewskiego, jej zwolennicy wśród rosyjskiej społeczności Nowego Jorku usiłowali przejąć sobór św. Mikołaja. W 1923 ks. Iwan Kiedrowski, biskup Żywej Cerkwi, przekazał sprawę do amerykańskiego sądu, który w 1925 przekazał plebanię i sobór zwolennikom odnowicielstwa. W sierpniu obiekt został jednak spontanicznie przejęty przez antykomunistycznie nastawionych parafian z Nowego Jorku, którzy utworzyli parafię Opieki Matki Bożej. W kwietniu 1926 sąd ponownie przekazał ks. Kiedrowskiemu budynek katedry. Po jego śmierci w 1934 w soborze służyli jego synowie Nikołaj i Joann, także kapłani Żywej Cerkwi. W 1944, po śmierci Nikołaja, Joann porzucił ruch odnowicielski i przeszedł w jurysdykcję Egzarchatu Amerykańskiego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, przekazując mu również sobór. W 1945 sąd amerykański potwierdził ten stan rzeczy, mimo protestów Metropolii. W 1947 Metropolia wygrała proces o sobór, jednak apelacja do Sądu Najwyższego USA zakończyła się wydaniem wyroku przeciwnego.