W tej sytuacji Niemcy postanowili zemścić się na cywilnej ludności Wawrzyszewa. Jeszcze tego samego dnia do wsi wtargnęli niemieccy żołnierze – według zeznań świadków należący do formacji SS. Zabudowania Wawrzyszewa obrzucano granatami i podpalano, a ich mieszkańców wypędzano. Osoby stawiające opór lub ociągające się z opuszczeniem domu zabijano na miejscu. Ponadto kilkunastu mężczyzn zostało zamordowanych strzałami w tył głowy. Od niemieckich kul i granatów, a także w podpalonych domach, zginęło łącznie ponad 30 mieszkańców Wawrzyszewa – w tym kobiety i dzieci. Samą wieś częściowo spalono – ucierpiał zwłaszcza tzw. Wawrzyszew Stary (przedłużenie ul. Żeromskiego). Ocalałych mieszkańców Niemcy wysiedliliWysiedleniu podlegała również ludność pozostałych miejscowości usytuowanych w bezpośredniej bliskości Warszawy: Anina, Babic, Bemowa, Boernerowa, Jelonek, Kobyłki, Łomianek, Młocin, Tłuszcza, Ursusa, Wawra, Włoch i Zielonki..
Pamięć 22 listopada 1992 na rogu ulic Wólczyńskiej i Wolumen odsłonięto metalowy krzyż upamiętniający ofiary pacyfikacji Wawrzyszewa.