Po zakończeniu kadencji, na wniosek prokuratora Sądu Okręgowego w Radomiu z 9 grudnia 1929, został aresztowany pod zarzutem nadużyć finansowych i we wrześniu 1930 umieszczono go, wraz z innymi posłami, w twierdzy brzeskiej. Najprawdopodobniej w grudniu 1930 został wypuszczony na wolność.
W opinii niektórych współczesnych historyków zarzuty stawiane Baćmadze były sfingowane, zaś jego pobyt w twierdzy brzeskiej, wraz z posłami opozycji, miał być, w zamyśle władz, pokazem bezstronności. Pokaz ten miał świadczyć o tym, że sanacja z jednakową surowością, jak opozycję, traktuje także przedstawicieli swojego obozu politycznego. Po zwolnieniu z aresztu Baćmaga wycofał się z życia publicznego.
W 1939, po wybuchu wojny, założył spółdzielnię – „Samopomoc Chłopską” i stanął na jej czele, należał także do AK. 7 sierpnia 1944 został, wraz z córką Zofią, aresztowany i najprawdopodobniej krótko potem rozstrzelany przez żandarmerię niemiecką.
Rodzina Józef Baćmaga był żonaty z Marianną z domu Pudzianowska od 1918, mieli czworo dzieci. Córka Zofia – żona oficera AK Wita Modesta Szczepanowskiego – zginęła wraz z ojcem w 1944. Syn Kazimierz także zginął w 1944 w walce z Niemcami w Mniszku pod Radomiem.