W 1894 roku bataliony utraciły samodzielność pod względem administracji i uzupełnień na rzecz pułku, w skład którego wchodziły. Otrzymały również nowe numery: 1. batalion (eks-15), 2. batalion (eks-19) i 3. batalion (eks-16). Pułk zmienił nazwę wyróżniającą z „Morawski” na „Ołomuniec” (niem. Landwehr-Infanterie-Regiment Olmütz Nr. 13) i został włączony w skład Brygady Piechoty Obrony Krajowej w Krakowie.
W 1900 roku Brygada Piechoty Obrony Krajowej w Krakowie została włączona w skład Dywizji Obrony Krajowej w Krakowie. W następnym roku brygada została przemianowana na 92 Brygadę Piechoty Obrony Krajowej, a dywizja na 46 Dywizję Obrony Krajowej (od 1905 roku – 46 Dywizja Piechoty Obrony Krajowej).
Podporządkowanie pułku i jego dyslokacja nie ulgła zmianie do 1914 roku..
Okręg uzupełnień Obrony Krajowej Ołomuniec (niem. Olmütz) na terytorium 1 Korpusu.
Kolory pułkowe: trawiasty (grasgrün), guziki srebrne z numerem pułku „13”.
W lipcu 1914 roku skład narodowościowy pułku: 64% – Czesi, 30% – Niemcy.