Muzeum prezentuje sprzęty szkolne, wyposażenie uczniów i nauczycieli, fotografie, nagrania, świadectwa szkolne, tarcze szkolne, proporczyki, emblematy, plakietki, znaczki i nalepki, filmy i nagrania dźwiękowe, podręczniki i lektury, spuścizny wybitnych nauczycieli bydgoskich oraz akta szkół i organizacji uczniowskich ze szkół w Bydgoszczy i regionie bydgoskim, począwszy od okresu zaboru pruskiego, aż po czasy współczesne. Wystawy prezentowane są w trzech salach wystawowych.
Najstarszymi eksponatami są m.in. elementarze z alfabetem gotyckim i łacińskim, wydane w 1880 roku i 1910, kieszonkowy śpiewnik polski, a także dwa unikalne egzemplarze „Pana Tadeusza” Adama Mickiewicza z XIX wieku, jeden drukowany w Lipsku, a drugi we Lwowie.
Wystawy stałe Ekspozycja główna w 2020 r. zawierała grupy związane z następującą tematyką: Szkoła sprzed lat – przybliżająca szkołę z okresu zaboru pruskiego i dwudziestolecia międzywojennego; Losy nauczycieli bydgoskich w latach 1939-1945 – poświęcona nauczycielom (ok.