W 1981 r. muzeum zostało przeniesione do Domu Nauczyciela przy ul. Czartoryskiego 19, a 14 października 1985 r. do pomieszczeń w nowo wybudowanej szkole podstawowej nr 32, przy ul. Bałtyckiej 59 i przyjęło nazwę Muzeum Oświatyhttps://web.archive.org/web/20090722185228/http://www.muzeumoswiaty_bydgoszcz.republika.pl/ dostęp 9-03-2010. Początkowo gromadziło ono ok. 1000 jednostek inwentarzowych, które prezentowano w czterech salach wystawowych w piwnicach budynkuGrott Franciszek: Muzeum nauczycielskich losów. [w.] Kalendarz Bydgoski 1991. Urządzono cztery wystawy stałe: „martyrologia nauczycielstwa bydgoskiego”, „szkoła sprzed lat”, „historia oświaty w Polsce” oraz „szkoła polska na obczyźnie”.
Początkowo muzeum było placówką wychowania pozaszkolnego, a od 1992 roku jest wydziałem Pedagogicznej Biblioteki Wojewódzkiej im. Mariana Rejewskiego w Bydgoszczy, do siedziby której w lutym 2004 roku zostało przeniesione, przejmując kilka pomieszczeń na II piętrze budynku przy ul. Marii Skłodowskiej-Curie 4.