W murach kościoła zginęło kilkadziesiąt osób. W 1968 roku proboszczem został ks. Adam Tymieniecki. W związku z budową Trasy Łazienkowskiej wyrażono zgodę na przeniesienie siedziby parafii i budowę kościoła oraz plebanii przy ul. Zagórnej 5. W 1979 roku ks. kard. Stefan Wyszyński Prymas Polski wmurowuje kamień węgielny pochodzący z jasnogórskiego klasztoru. Kościół powstaje według projektu architektów: Stanisława i Piotra Marzyńskich. W 1983 roku bp. Jerzy Modzelewski poświęca nową świątynię usytuowaną na pobojowisku czerniakowskiego przyczółka, gdzie trwały walki powstańcze zgrupowań „Kryska”, Radosław", „Parasol”, „Miotła”, „Zośka”. W prezbiterium i w różnych punktach kościoła umieszczone są tablice pamiątkowe związane z ugrupowaniami walczącymi w powstaniu warszawskim. Przy kościele powstało tzw. „Środowisko Zagórnej”, skupiające działaczy ruchu narodowego. W 1993 roku ks. kard. Józef Glemp Prymas Polski dokonuje konsekracji świątyni. W następnym roku Jego Eminencja Ksiądz Prymas oraz ks. bp. Piotr Jarecki dokonują konsekracji trzech dzwonów wykonanych przez firmę Felczyńskich. W 1994 roku na emeryturę odchodzi ks. prałat Adam Tymieniecki. W latach 1994–2003, do swojej śmierci, proboszczem parafii był ks. Stefan Księżopolski. Od roku 2004 proboszczem jest ks.