Twórczość 250px|thumb|left|Pomnik Walki i Męczeństwa Ziemi Bydgoskiej na rynku w Bydgoszczy, autorstwa Franciszka Masiaka W jego twórczości dominuje rzeźba (monumentalna – jak granitowe „Dziecko stojące” z 1938 r. i studyjna - jak „Głowa Babci” w granicie z 1944 r.), ale wśród jego prac trafiają się również płaskorzeźby w gipsie (cykl kompozycji o wspólnym tytule „Dyskusje”), glinie, kamieniu, drewnie i brązie.
Od końca lat 50. artysta, zmęczony socrealizmem, przeszedł do form bardziej aluzyjnych i unowocześnionych, stosując często nowe materiały (np. żywice sztuczne) i łącząc w jednym dziele różne techniki, np. „Ptaki Kosmosu I” z 1961 r., wykonane z cementu i mozaiki.
Część prac z okresu międzywojennego i powstałych w czasie II wojny światowej uległa zniszczeniu. Jego prace znajdują się, m.in.: w Muzeach Narodowych w Warszawie i Krakowie, w budynku Sejmu oraz Muzeum Polskim w Chicago.
Ważną rolę w twórczości Franciszka Masiaka odgrywała tematyka patriotyczna i martyrologiczna, co widać zwłaszcza na przykładzie zaprojektowanych i wykonanych przez niego pomników, jak choćby Pomnik Ofiar Oświęcima (1952) i Pomnik Bohaterów Warszawy (1965), Pomnik Walki i Męczeństwa Społeczeństwa Bydgoszczy i Ziemi Bydgoskiej (1969), czy Pomnik Poległych Bohaterów 7 Pułku Piechoty Legionów (1933).