Pierwotne założenia uwzględniały usunięcie torfu i oczyszczanie dna przyszłego zbiornika. Ze względu na brak czasu i środków zrezygnowano z tej części planów i ostatecznie zalano wodą podmokłe łąki. Po kilku dziesięcioleciach efektami tamtej decyzji są m.in.: zakwity sinicowe i zaleganie grubej warstwy mułu na dnie zbiornika. Na jakość wody zgromadzonej w jeziorze wpływa także skład chemiczny Bystrzycy, przepływającej przez tereny rolnicze.
Typologia
Jezioro Zemborzyckie jest zbiornikiem zaporowym typu przejściowego między limnicznym a reolimnicznym, ze względu na okres retencji wynoszący 26 dób. Jako zbiornik zaporowy jest częścią wód rzecznych o nieokreślonym typie (typ 0). W systemie gospodarki wodnej jest jednolitą częścią wód Zbiornik Zemborzyce o międzynarodowym kodzie PLRW2000024653Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 18 października 2016 r. w sprawie Planu gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły () zastąpione rozporządzeniem Ministra Infrastruktury z dnia 4 listopada 2022 r. ().
Ichtiofauna
Zbiornik jest zarybiony. W czerwcu 2021 r. wyłowiono z niego na wędkę rekordowy okaz suma o długości 210 cmWg onet.pl .