16 sierpnia 1916 Zamboanga została prowincją.
W 1942 była okupowana przez wojska Japońskie, które pozostawały tam do 1945 kiedy została wyzwolona przez filipińczyków i wojska amerykańskie.
6 czerwca 1952 prowincja została podzielona na dwie prowincje:Zamboanga del Norte i Zamboanga del Sur, natomiast miasto Zamboanga zostało wydzielone jako miasto niezależne.
Region
Wraz z Archipelagiem Sulu, została częścią Region IX dekretem prezydenta Flipin, którym w tym czasie był Ferdinand Marcos.
Pomiędzy rokiem 1975 a 1989 dawny Region IX (Zachodnie Mindanao) podzielono na dwa mniejsze regiony (Dekret prezydenta nr. 773 z 21 sierpnia 1975).
Sub-Region IX-A zawierał Basilan, Sulu i Tawi-Tawi oraz Jolo jako ośrodek centralny sub-regionu.
Sub-Region IX-B zawierał provincje Zamboanga del Norte i Zamboanga del Sur oraz miasto wydzielone Zamboanga jako ośrodek centralny sub-regionu.
Obecnie
W 2001 z prowincji Zamboanga del Sur wykrojono nową prowincję Zamboanga Sibugay z miastem Ipil jako siedzibą rządu prowincji.
W tym samym roku, mieszkańcy Basilan zdecydowali w plebiscycie o przyłączeniu do Regionu Autonomicznego Muzułmańskie Mindanao (ARMM) oprócz stolicy Isabela i zostali nadal częścią regionu Zamboanga Peninsula.