Podczas swojego pontyfikatu wiele miejsca poświęcił dyscyplinie wśród duchowieństwa oraz jego wykształceniu. Z powodu niewystarczającej liczby księży w archidiecezji założył kolegia jezuickie w: Czeskim Krumlovie, Trebonie i Chomomutovie oraz klasztor karmelitów w Tachovie, sprowadzając zakonników z Bawarii.
Zamierzał utworzyć seminarium duchowne, jednak nie udało mu się to wobec braku wsparcia finansowego ze strony cesarza. Chcąc zahamować rozszerzanie się wpływów braci czeskich i luteran zakazał ich wyświęcania na duchownych katolickich, jednocześnie tolerując przyjmowanie przez wiernych tych wyznań komunii świętej pod dwiema postaciami, za co został w 1586 r. upomniany przez monarchę i papieża Sykstusa V, który wydał specjalną bullę potępiającą heretyków.
Martin Medek był osobą świetnie wykształconą. Posługiwał się pięcioma językami i utrzymywał dobre kontakty z nuncjuszem w Czechach, przyczyniając się do rekatolicyzacji Czech. W 1588 r. z jego inicjatywy na ołtarze wyniesiono św. Prokopa, który został oficjalnym patronem państwa czeskiego.