W tym samym roku ukazał się minialbum A Taste for Blood, na którym znalazły się trzy utwory z dema Deathmix 2000, "Monument of Death" z niewydanego albumu kompilacyjnego Nordic Metal II, cover Massacre "Cryptic Realms" oraz "Malignant Nothingness" z albumu Monument of Death.
Kolejny album studyjny Affiliated with the Suffering miał premierę w styczniu 2003 roku, zaś w grudniu zespół podpisał kontrakt z wytwórnią Earache Records.
W 2004 roku z zespołu odszedł Espen "Beist" Antonsen i trzeci album studyjny Altered Genesis, który ukazał się w lutym 2005 roku, został nagrany z pomocą Bernta Moena (Trail of Tears, Green Carnation). Po wydaniu tej płyty Blood Red Throne opuścił Mr. Hustler, a zastąpił go Vald. Latem 2005 roku do zespołu został również przyjęty nowy perkusista Anders Haave. W listopadzie 2005 roku Blood Red Throne wziął udział w europejskiej trasie z grupami Mortician i Akercocke. W jej trakcie wokalista i basista Mortician – Will Rahmer – został w Polsce aresztowany za napaść na taksówkarza i kradzież samochodu. Trasa nie została jednak przerwana i na pozostałych koncertach Willa Rahmera zastępowali członkowie Blood Red Throne i Akercocke.