W 1874 roku został nadwornym solistą cara, a w sezonach 1883-1884, 1887-1892 i 1894-1895 dyrygował koncertami symfonicznymi Rosyjskiego Towarzystwa Muzycznego. Ponadto występował zarówno w roli solisty, jak i dyrygenta w całej Europie (także w Polsce). Był oficjalnym przedstawicielem Rosji podczas międzynarodowych wydarzeń, jak kongresy i konkursy. Po wydarzeniach rewolucyjnych w Rosji, w trakcie niepewnego rozstrzygnięcia wojny domowej, wyemigrował do Stanów Zjednoczonych (1918 rok). Tam nauczał w Institut of Music Art (późniejsza Juilliard School) w Nowym Jorku i w Curtis Institute of Music w Filadelfii. Kontynuował też działalność koncertową mimo podeszłego wieku. Od 1924 roku występował w Carnegie Hall. W 1928 roku otrzymał obywatelstwo amerykańskie. Zmarł w poddrezdeńskim Loschwitz 15 lipca 1930 roku, podczas odbywania tournée w Niemczech.
Twórczość Auer uznany jest za twórcę rosyjskiej szkoły skrzypcowej. Zasłużył się jako wykonawca i pedagog. Do uczniów Auera należeli m.in.: Josif Achron, Jascha Heifetz, Efrem Zimbalist, Michaił Elman, Nathan Milstein i Emil Młynarski. Auer sporządzał transkrypcje i opracowania utworów skrzypcowych, sam również komponował, m.in. Rapsodie hongroise, Tarantelle de concert.