Pewne korzyści odnotowano również w takich stanach chorobowych, jak zaburzenia rytmu serca oraz reumatoidalne zapalenie stawów. W jednym z badań na grupie 32 pacjentów z młodzieńczym idiopatycznym zapaleniem stawów (MIZS) stwierdzono istotny spadek CRP po zastosowaniu suplementacji kwasów tłuszczowych omega−3. W innym badaniu 23 dzieci chorych na MIZS podzielono losowo na dwie grupy. W pierwszej grupie zwiększono zawartość kwasów omega−3 w diecie, a w drugiej nie. Po 5 miesiącach eksperymentu średnia dzienna dawka ibuprofenu przyjmowanego przez dzieci w pierwszej grupie spadła z 28,4 mg/kg do 23,4 mg/kg, a w drugiej grupie średnia dawka ibuprofenu spadła z 23,7 mg/kg do 22,7 mg/kg.
Ważna jest odpowiednia proporcja kwasów tłuszczowych omega−3 i omega-6 w diecie. Kwasy omega-6 (a zwłaszcza kwas arachidonowy) ułatwiają produkcję prostaglandyn, czyli hormonów prozapalnych. Z kolei kwasy omega−3 działają hamująco na stan zapalny, gdyż w organizmie konkurują z kwasami omega-6, zmniejszając ich stężenie w tkankach oraz ograniczając ich reakcje z enzymami. Według danych National Institutes of Health Amerykanie zwykle spożywają zbyt dużo kwasów omega-6 w porównaniu do kwasów omega−3.