Koszty budowy okrętu wyniosły 14 804 ówczesnych funtów.
"Royal Katherine" wziął udział w drugiej wojnie morskiej przeciw Holandii, która wybuchła w 1665 roku. W bitwie morskiej pod Lowestoft okręt, wspólnie z "Royal Oak", stoczył zwycięską walkę z silnie uzbrojonym w 76 dział, holenderskim statkiem Kompanii Wschodnioindyjskiej "Oranje". W następnym roku "Royal Katherine", jako flagowy okręt eskadry "niebieskiej" pod dowództwem wiceadmirała Thomasa Teddemana, brał udział w bitwie czterodniowej, podczas której został poważnie uszkodzony i czasowo osiadł na mieliźnie, ale zdołał uniknąć losu zdobytego i spalonego przez Holendrów "Prince Royal". W niecałe dwa miesiące później okręt ponownie walczył, pod tym samym dowództwem, w bitwie pod North Foreland (eskadra "biała").
Rok później w 1667, podczas holenderskiego rajdu na Medway, aby zapobiec zdobyciu przez wroga, "Royal Katherine" został zatopiony przez własną załogę, uniknął jednak spalenia przez holenderskie brandery, gdyż Holendrzy zarządzili odwrót. W tym samym roku podniesiony i ponownie włączony do służby.