3 ustawy o systemie EMAS: opiniowanie dokumentów w ramach strategicznych ocen oddziaływania na środowisko, kierowanie wystąpień w sprawach wydawanych decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, w tym wniosków o stwierdzenie ich nieważności, jak również występowanie w charakterze strony w postępowaniu administracyjnym i sądowym, uczestniczenie w tzw. postępowaniu transgranicznym, sporządzenie projektu krajowej strategii ochrony i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz projektu programu działań, prowadzenie centralnego rejestru form ochrony przyrody, wydawanie określonych zezwoleń dotyczących hodowli i rozmnażania zwierząt i roślin, zezwoleń na wywóz za granicę meteorytów i kopalnych szczątków roślin i zwierząt, pozyskiwania gatunków i innych, decydowanie o odstępstwach od zakazów na terenie rezerwatów przyrody, przy uwzględnieniu przepisów Unii Europejskiej opracowywanie projektu listy obszarów Natura 2000, nadzorowanie funkcjonowania tych obszarów i prowadzenie ewidencji odpowiednich danych, składanie Komisji Europejskiej raportów i notyfikacji, opracowywanie programów ochrony zagrożonych wyginięciem gatunków roślin, zwierząt i grzybów, wydawanie zezwoleń na utworzenie i prowadzenie ogrodu botanicznego lub zoologicznego, a także ośrodka rehabilitacji zwierząt, prowadzenie rejestru krajowego