Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska podlega ministrowi właściwemu do spraw środowiskaArt. 121 ust. 2 ustawy o udostępnianiu informacji o środowisku. Powołuje go Prezes Rady Ministrów na wniosek ministra, po przeprowadzeniu otwartego i konkurencyjnego naboru na to stanowisko. W gestii premiera leży także odwołanie Generalnego Dyrektora. Funkcję tę może pełnić osoba spełniająca warunki ustawowe, dotyczące m.in. obywatelstwa, wykształcenia, doświadczenia zawodowego, niekaralności za przestępstwa umyślneArt. 126 ustawy o udostępnianiu informacji o środowisku.
Generalni dyrektorzy ochrony środowiska Michał Kiełsznia (od 23 stycznia 2008 do 26 listopada 2015) Jakub Dziubecki (od 27 listopada 2015 do 15 lutego 2016, p.o) Krzysztof Lissowski (od 15 lutego 2016 do 31 maja 2018, p.o.) Andrzej Szweda-Lewandowski (od 1 czerwca 2018 do 22 grudnia 2023)https://rk.pkw.gov.pl/1_Rejestr_korzysci/1/1/3141/118 Piotr Otawski (od 27 lutego 2024)
Zastępcy generalnego dyrektora ochrony środowiska Anna Ronikier-Dolańska (od 11 kwietnia 2024)