Razem z innymi misjonarzami pracował również nad wzniesieniem cerkwi i budynków mieszkalnych.
W 1799 podniesiony do godności biskupiej Joazaf zginął w czasie burzy morskiej razem z grupą towarzyszących mu mnichów. Herman, który pozostał na lądzie, podjął pracę misyjną na nowo, mając za pomocnika tylko jednego zakonnika – mnicha Gedeona z Ławry św. Aleksandra Newskiego. Wspólnie urządzili szkołę przy cerkwi. W 1807 mnich Gedeon porzucił pracę misjonarską i Herman od tej pory działał samotnie. Mimo osiągania sukcesów w pracy misyjnej przez całe życie odmawiał przyjęcia godności archimandryty, nie czuł się również godny zostania hieromnichem.
Według wspomnień współczesnych mnich Herman odznaczał się nadzwyczajną skromnością, dobrocią i cierpliwością. Osobiście pielęgnował chorych mieszkańców Alaski, występował w ich obronie przed kolonizatorami. Przypisywano mu również zdolność czynienia cudów (zatrzymywanie pożarów i przypływów za pomocą ikony Matki Bożej).
Zmarł 13 grudnia 1837. Na miejscu jego grobu wzniesiona została niewielka drewniana cerkiew świętych Sergiusza i Hermana Wałaamskich. Przed śmiercią mnich miał przepowiedzieć, że jego pogrzeb będzie musiał zostać przełożony z braku kapłana, zaś wierni prawosławni w Rosji dowiedzą się o jego działalności dopiero po kilkudziesięciu latach.