Po sześciu miesiącach zdecydował się przystać na propozycję ukraińskiego klubu Metalist Charków. Marcos Paulo rozegrał dla Ukraińców tylko jeden mecz, a latem ponownie wrócił do ojczyzny, tym razem do ekipy Portuguesa. Świętował wraz z drużyną awans do brazylijskiej Serie A w 2007.
Następnie grał w japońskich drużynach Yokohama FC i Shimizu S-Pulse, skąd powrócił w 2010 do Portuguesy. W 2011 był zawodnikiem trzecioligowego klubu Fortaleza EC i w tym samym roku zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1996 Cruzeiro EC Brasileiro Série A 1997 1998 26 1 1999 14 0 2000 15 0 2001 2001/02 Udinese Calcio Serie A 14 1 2002/03 Sporting CP Primeira Liga 3 0 2003 Grêmio Brasileiro Série A 15 0 2003/04 Maccabi Hajfa Ligat ha’Al 17 1 2004 Guarani FC Brasileiro Série A 13 2 2005/06 Metalist Charków Premier-liha 1 0 2006 Portuguesa Brasileiro Série B 25 0 2007 11 1 2007 Yokohama FC J1 League 11 0 2008 Shimizu S-Pulse 20 1 2009 17 0 2010 Portuguesa Brasileiro Série B 17 1 2011 Fortaleza EC Brasileiro Série C
Kariera reprezentacyjna
Marcos po raz pierwszy w drużynie narodowej zagrał 8 czerwca 1999 w wygranym 3:1 spotkaniu z Holandią. W tym samym roku został powołany na Puchar Konfederacji 1999, w którym Brazylia dotarła do finału.