Pod względem podziału Polski na jednostki fizycznogeograficzne Chojnów położony jest w obrębie makroregionu Niziny Śląsko-Łużyckiej. Miasto znajduje się w mezoregionie Równina Chojnowska, w centralnej części mikroregionu Wysoczyzna Chojnowska.
W aktualnym podziale administracyjnym kraju Chojnów położony jest w środkowo-zachodniej części województwa dolnośląskiego, w zachodniej części powiatu legnickiego. Przez miasto przepływa rzeka Skora, płynąca z zachodu na wschód, oraz rzeka Młynówka wypływająca w okolicach Muzeum Regionalnego i płynąca w kierunku zachodnim. Chojnów ma połączenie z większymi miastami kraju (drogowe i kolejowe) oraz znajdującą się 5 km na południe od Chojnowa Autostrada A4. Na południe od miasta znajduje się Równina Chojnowska, ciągnąca się od okolic Bolesławca do Jawora.
Według danych z 2002 r. Chojnów ma obszar 5,32 km², w tym: użytki rolne: 41% użytki leśne: 0%
Miasto stanowi 0,71% powierzchni powiatu.
Granice thumb|Lokalizacja gminy miejskiej Chojnów na mapie powiatu legnickiego
Miasto graniczy jedynie z gminą wiejską Chojnów – jest enklawą na jej terenie.