Dolina Rospudy zajmuje w swej północnej części Pojezierze Zachodniosuwalskie, a w południowej Równinę Augustowską. Znajduje się w północnej części województwa podlaskiego. Obejmuje tereny gmin Augustów (3103,75 ha) i Nowinka (5062,59 ha) w powiecie augustowskim oraz tereny pięciu gmin w powiecie suwalskim – gmina Bakałarzewo (3297,12 ha), gmina Filipów (5264,06 ha), gmina Przerośl (463,84 ha), gmina Raczki (6193,35 ha) i gmina Suwałki (326,15 ha). Obszar rozciąga się na długości ok. 52 kmOd północnej granicy gminy Filipów z gminą Dubeninki do brzegu półwyspu wcinającego się w jezioro Necko przy Rospudzie Augustowskiej., od części północno-zachodniej granicy woj. podlaskiego z woj. warmińsko-mazurskim i wzdłuż niej w kierunku południowo-wschodnim do granic administracyjnych miasta Augustów.